Совет Ассоциации играет ключевую роль в определении приоритетных направлений деятельности и стратегии развития АПМ «Кластер АП», осуществляет общее руководство Ассоциацией, принимает решения и выполняет задачи, стоящие перед кластером, созывает Общее собрание, предварительно рассматривает приоритетные направления деятельности, принципы формирования и использования имущества, финансового плана, годового отчета Ассоциации, а также проводит контроль над деятельностью единоличного исполнительного органа власти.